醫院會計采用權責發生制基礎。醫院會計要素包括資產、負債、凈資產、收入和費用。醫院應當根據本制度有關會計報表的編制基礎、編制依據、編制原則和方法的要求，對外提供真實、完整的會計報表。醫院不得違反規定，隨意改變會計報表的編制基礎、編制依據、編制原則和方法，不得隨意改變本制度規定的會計報表有關數據的會計口徑。醫院會計報表應當根據登記完整、核對無誤的賬簿記錄和其他有關資料編制，要做到數字真實、計算準確、內容完整、報送及時。
醫院應當按照下列規定運用會計科目：(壹)醫院應當按照本制度的規定，設置和使用會計科目。在不影響會計處理和編報會計報表的前提下，可以自行設置本制度規定之外的明細科目。(二)本制度統壹規定會計科目的編號，以便於編制會計憑證、登記賬簿、查閱賬目，實行會計信息化管理。醫院不得隨意打亂重編。(三)醫院在編制會計憑證、登記會計賬簿時，應當填列會計科目的名稱，或者同時填列會計科目的名稱和編號，不得只填列科目編號、不填列科目名稱。五、醫院財務報告是反映醫院某壹特定日期的財務狀況和某壹會計期間的收入費用、現金流量等的書面文件。醫院財務報告由會計報表、會計報表附註和財務情況說明書組成。六、醫院財務報告分為中期財務報告和年度財務報告。以短於壹個完整的會計年度的期間(如季度、月度)編制的財務報告稱為中期財務報告。年度財務報告則是以整個會計年度為基礎編制的財務報告。醫院對外提供的年度財務報告應按有關規定經過註冊會計師審計。七、醫院對外提供的財務報告的內容、會計報表的種類和格式、會計報表附註應予披露的主要內容等，由本制度規定;醫院內部管理需要的會計報表由醫院自行規定。八、醫院財務報告中的會計報表包括資產負債表、收入費用總表、現金流量表、財政補助收支情況表以及有關附表。