1.1控制科目交集。公司治理結構的主體是“股東→董事會→總經理”委托代理鏈中的各個節點，其中董事會是核心。內部控制的主體是“董事會→總經理→職能經理→高管崗位”委托代理鏈條中的節點，核心在總經理。因此，董事會和總經理都是公司治理結構和內部控制的主體。
1.2控制手段的同壹性。雖然公司治理結構和內部控制在管理手段上各有側重，但控制和激勵是兩種基本手段。即使是高管崗位和特定員工，也必須在控制的同時進行必要的激勵。
1.3適用對象交集。在三種基本的企業形式中，獨資和合夥主要存在管理和控制問題，幾乎不存在治理問題，因為它們的所有權、監督權和控制權通常是壹體的。但對於公司制企業來說，公司治理結構和內部控制問題都存在，需要同時解決，並且要註意兩者之間的有效銜接。
2監督機制
第壹，董事會；保持董事會成員的高度獨立性對於實現對經理層的有效監督至關重要。如果董事會成員與企業高層管理者重疊，那麽董事會就成為管理者的自我監督機構，董事會成為“橡皮圖章”也就在所難免。內控制度再健全，也只是公司按照法律要求走的壹個程序。因此，獨立董事被引入董事會，以監督執行董事。董事會的監督效率取決於獨立董事的獨立性。
二是監事會；如果監事會能夠有效行使監督職能，必將制約大股東或執行董事控制董事會的局面。雖然我國法律賦予監事會對董事和經理的監督權，但在實踐中，往往是因為監事會地位有限、監事會成員的任命由經理控制、監事會成員素質低下等原因。，認為監事會制度在中國已經成為繼董事會之後的又壹個“橡皮圖章”。
第三，內部審計；在公司治理結構安排中，由誰委托內部審計來監督和評價管理者對內部控制的執行情況，成為內部控制效率的關鍵。內部審計檢查的對象是公司的管理者，檢查的範圍包括內部財務控制和管理控制，這就要求內部審計在公司中具有超然的獨立性和權威性，特別是要保證不受管理者的限制，避免內部審計的“角色困境”。
第四，外部市場；經理人外部市場監管包括產品市場約束、資本市場約束和經理人市場約束、公司並購市場和獨立審計監管。外部市場監管的效果取決於市場的發展和完善程度。產品市場監管表現為產品價格和質量的競爭，迫使經營者盡力改善經營，降低成本。資本市場的約束表現為股價漲跌對管理者的約束；經理人市場的競爭使得經營者努力提高公司收入；如果公司業績不好，將面臨被收購的危險，經理們會被辭退，在經理市場上的價值也會大打折扣；獨立審計是利益相關者評價和驗證經營者契約履行情況的主要渠道。
3優化公司治理結構，完善內部控制
不可否認，內部控制發揮著不可替代的作用，它仍將是未來企業生產經營管理中需要建立的最基本的管理制度之壹。但需要註意的是，它也有局限性，僅僅依靠它很難達到預定的管理目標。因為根據COSO報告提供的內部控制概念及其制度標準的解釋，內部控制的控制點主要集中在企業的會計系統(財務部門)和業務執行系統(供應、生產和銷售部門)，對企業的決策系統(董事會和總經理)的影響有限。雖然報告將董事會與內部控制聯系起來，但這種聯系僅限於壹些需要董事長授權的事情，主要的控制程序仍僅限於首席執行官。這說明內部控制的控制域中存在著控制盲區或控制薄弱區，無法從源頭上完全覆蓋所有虛假信息和經濟欺詐行為，尤其是這些行為的發生。因此，長期追求內部控制的三個基本目標——會計信息的真實性和可靠性、企業資產的安全性和運營效率的提高，僅僅依靠內部控制是不夠的。還需要將內部控制與公司治理結構有效銜接，優化公司治理結構，從而在公司治理結構的理論和制度框架下解決對企業高層管理人員的控制和激勵問題。否則，上述三個目標的實現無疑是空中樓閣。優化公司治理結構的主要措施如下:
壹是引入戰略投資者，完善公司治理結構。實踐證明，國有企業改制為國有獨資公司或國有股不利於完善公司治理結構。降低國有股比例，增加法人股和個人股比例，使個人股東有足夠的股份，使其有積極性監督和約束企業經營者，可以有效解決經營者的激勵問題，進而提高公司治理效果。但如果公司股權過於分散，由於治理成本與獲得的增量收益之間的不對稱，雖然他們有監督經營者的內在需要，但往往為了自身利益而試圖“搭便車”，導致股東對公司的監督和約束無效，從而影響公司治理結構的優化。因此，在逐步退出國有企業治理結構的過程中，引入戰略投資者可以有效改變獨資化帶來的治理結構上的缺陷，與市場運作成熟的現代公司制企業建立起股東會、董事會和管理層職責明確、相互支持、相互制衡的有效治理結構。戰略投資者進入後，作為公司的股東和投資者之壹，將在公司的重大決策、經營者選擇、發展戰略的確定、組織架構的調整、獎懲制度的完善等方面發揮非常重要的作用。，資產監管機制將制度化，這將有效地保證資產的安全，防範企業的風險。
第二，發揮獨立董事在公司治理中的積極作用；制定和完善獨立董事實施細則和操作辦法，發揮獨立董事在公司治理中的積極作用。獨立董事壹般獨立於公司股東，不代表出資人和公司管理層，能夠客觀公正地對待公司的戰略決策。
目前，我國借鑒西方成熟資本市場的經驗，在上市公司中推行獨立董事制度，對公司治理的發展起到了積極的推動作用。但是，獨立董事制度仍需要在實踐中進壹步完善。首先，上市公司章程必須明確獨立董事行使職權的具體內容及其行使職權的範圍、方式和方法，並賦予獨立董事在重大關聯交易、對外投資決策等重要議案決策中的特殊表決權。其次，獨立董事的成員也應該有專門的規定。獨立董事的成員應該是具有較高專業知識背景的人，專業業務的監督有利於發揮他們的優勢。最後，董事會下設戰略決策、審計、提名、薪酬、考核等專門委員會。在這些委員會中任命壹定數量的獨立董事，可以發揮其中立、專業能力強的優勢，從而減少內部人控制，削弱大股東對上市公司經營決策的絕對控制。
第三，完善決策機制，增加監事會的權力範圍；賦予監事會各種具體的程序性權利，如質詢權、否決權等，保證監督的真實性。我國現有的監事會制度之所以不能發揮有效作用，是因為缺乏壹個有效的程序來保證監督的真實性。比如，我國公司法雖然規定了監事會對財務和董事行為的監督權，但沒有輔以具體的程序保障機制。這就造成了監事會在發現違法行為時無所適從，難以采取有效措施予以糾正。因此，應在法律上賦予監事會各種程序性權利，確保監事會享有的實體性權利得以實現，公司治理結構的內部權力得到有效制約。
第四，建立市場化、動態化、長效化的激勵機制；鼓勵公司經理持有公司股份，允許上市公司實行股票期權制度。對於業績突出的企業家和管理經驗稀缺的技術人才，是充分發揮證券市場激勵約束功能、促進公司治理的重要手段。經營者雖然努力，但不壹定能獲得巨大的股票升值收益。但如果經營者不努力，必然導致更大的股票貶值損失。因此，建立以市場為導向的、動態的、長期的激勵機制，可以使企業管理層有足夠的動力去研究、制定和實施適合本企業的控制措施，在不斷完善內部控制制度的同時，提高內部控制的實施效果。