1、入學考試內容的不同
會計專業碩士屬於管理類碩士的其中壹個類別，其初試科目為《管理類綜合能力》、《外國語》；會計學術碩士的初試科目為《思想政治理論》、《外國語》、《業務課壹》、《業務課二》。會計專業碩士與會計學術碩士的復試考試都由院校自主命題，兩者的復試內容通常不壹致
2、人才培養方向的不同
會計專業碩士主要培養具有良好職業道德，系統掌握現代會計理論與實務以及相關領域的知識與技能，具備會計工作領導能力的高素質會計人才。會計學術碩士主要培養具有紮實的經濟學、管理學和會計學理論基礎和系統專業知識並掌握會計學及財務管理專業技能的高級專業人才。
3、畢業證書的不同
就讀於會計專業碩士項目的學生，畢業後可取得會計專業碩士學位證書。就讀於會計學術碩士項目的學生，畢業後可取得會計學術碩士學位證書。