審計署向全國人大常委會做審計工作報告始於1996年。從1998年開始，李金華擔任國家審計署審計長。接下來6年，在李金華的領導下，審計署每年都查出了多起大案要案——
●1998年，清查糧食系統違規違紀問題。立案2268起，1302人受到黨紀政紀處分；
●1999年，審計三峽移民資金和移民建鎮資金，擠占挪用現象嚴重；
●2000年，審計16個省市自治區1999年國債重點建設項目資金的使用情況，發現挪用國債資金4.77億元；
●2001年，審計貴州省國債資金中發現，貴州省交通廳原廳長盧萬裏在國債項目招標中弄虛作假，造成國家建設資金損失9800多萬元。盧萬裏已判處死刑；
●2002年，查出中國建設銀行廣州地區8家支行10億元虛假按揭；中國農業發展銀行8.1億元資金投資股市，所獲收益去向不明； 人事部2003年度預算執行審計結果
據公告顯示，審計中發現的主要問題包括：
(壹)2003年，人事部使用以前年度政府機關經費結余和基建結余***計93萬元購置中型轎車1輛、小轎車2輛，未按規定列入本部門政府采購預算，也未在2003年6月30日前補報，不符合《財政部關於進壹步做好中央單位2003年政府采購工作有關問題的通知》關於“應編報而未編報政府采購預算或者有漏報政府采購項目的中央單位，必須於2003年6月30日前向財政部國庫司補報”的規定。
(二)2003年，人事部使用以前年度基建結余448.93萬元購置16套商品房作為職工集體宿舍，未列入2003年度部門預算報財政部批準，不符合《中華人民***和國預算法實施條例》關於“各部門、各單位的預算支出，必須按照本級政府財政部門批復的預算科目和數額執行”的規定。
(三)人事部所屬中國博士後科學基金會管理的博士後經費是具有特定用途的項目經費。
鐵道部2003年度預算執行審計結果
公告稱，審計中發現的主要問題包括：
(壹)2003年，鐵道部上報財政部並被批復的鐵路建設基金用於建設項目的預算金額為238.8億元，而鐵道部上報國家發改委的項目計劃金額為182.6億元，造成財政部批復預算資金數額大於計劃資金數額56.2億元，不符合財政部相關規定。同時，上述財政部撥付鐵道部的238.8億元資金，鐵道部當年實際向所屬單位撥款221.6億元，年末還有17.2億元滯留在鐵道部，不符合《中華人民***和國預算法》關於“各級政府、各部門、各單位的支出必須按照預算執行”的規定。
(二)2000至2003年，鐵道部工程管理中心未取得國家有關部門收費許可,鐵道部工程交易中心未依法取得獨立法人資格，***違規收取招標費和招投標咨詢服務費4149萬元，作為兩單位的管理支出。不符合《國家計委關於加強行政事業性收費管理的通知》中“嚴格執行收費許可證制度”和財政部、國家計委2000年印發的《關於鐵道部工程交易中心收取鐵路工程交易服務費等問題的復函》中“工程交易中心應當按規定取得法人資格後，方能按經營服務性收費”的規定。
(三)2000年至2002年，鐵道部工程管理中心收取建設工程監督費1082萬元，自行設立專戶存儲，未納入財政專戶管理。不符合財政部《關於發布建設工程質量監督費的通知》中“收費收入實行財政專戶儲存，專款專用”和《行政事業性收費和罰沒收入實行“收支兩條線”管理的若幹規定》中“具有執收執罰職能的單位根據國家法律、法規和規章收取的行政事業性收費和罰沒收入，屬於財政性資金，均應實行財政‘收支兩條線’管理”的規定。
(四)1995年8月，鐵道部機關服務中心投資成立山西省介休市路鑫煤炭氣化有限責任公司(簡稱路鑫公司)，截止2002年末，已累計投資1323萬元，占74.91%股份。2003年5月，機關服務中心未經資產評估和未報國有資產管理部門審核批準，將持有的路鑫公司股份作價956萬元，轉讓給山西省介休市路通運輸有限公司，不符合國有資產管理局《關於加強企業國有產權轉讓監督管理工作的通知》中“轉讓企業國有產權，必須對包括土地使用權在內的企業資產統壹進行評估，評估工作必須委托經國有資產管理部門批準取得資格的機構承擔並依法進行，評估價值要經國有資產管理部門確認，並據此作為轉讓底價”的規定。
(五)2003年，鐵道部用運營管理費等企業資金補助行政事業單位經費和項目支出1.12億元，未列入2003年度部門預算，不符合《中華人民***和國預算法》關於“預算收入包括其他收入，預算支出包括各項補貼支出；按照規定必須列入預算的收入，不得隱瞞、少列”的規定。
(六)2003年，鐵道部報送財政部並得到批復的部門預算中，上報了已改制為企業的4個勘測設計院住房改革經費851萬元，這4個單位已在2002年按中編辦規定實行經費自理，不屬於申請財政撥款範圍。上述做法不符合《中華人民***和國預算法》關於“各部門、各單位不得將不應當在預算內支出的款項轉為預算內支出”的規定。
中國國際貿易促進委員會預算執行審計結果
據審計結果顯示，審計中發現的主要問題包括：
(壹)所屬法律事務部2003年將應繳中央財政專戶的認證費收入697萬元直接支出；年底未將行政事業性收費1.6億元產生的存款利息731萬元及已結案仲裁收入3790萬元上繳財政專戶。上述做法不符合《國務院辦公廳轉發財政部<關於深化收支兩條線改革進壹步加強財政管理意見>的通知》中“各部門必須將罰沒收入、行政性收費和預算外收入，及時足額繳入國庫或預算外資金財政專戶”等規定。另外，法律事務部超出合理的實際支出需要，向仲裁當事人多收取辦理案件特殊報酬、差旅費、住宿費等724萬元。
(二)2003年，貿促會未將財政部門批復的項目預算2010萬元細化到具體明細項目，其中將事業發展項目、外事服務支出項目中的1659萬元分別用於職工福利1411萬元、職工醫療費用248萬元；所屬法律事務部擠占認證支出項目經費1050萬元，用於人員經費557萬元、公用經費493萬元；作為涉外經貿仲裁辦案費用項目執行單位，法律事務部以經辦秘書報酬、輔助費等名義擠占項目資金803萬元，用於發放職工補貼。
(三)機關服務中心將歷年由利息等形成的雜項收入96萬元從收入中轉出，在暫存款科目掛賬，造成收入不實。不符合《財政部關於發布<事業單位會計準則(試行)>的通知》關於“會計核算應當以實際發生的經濟業務為依據，客觀真實地記錄、反映各項收支情況和結果”的規定。
(四)法律事務部2003年底***有銀行賬戶11個，如開設行政事業性收費賬戶、外匯賬戶及與外匯賬戶配套使用的人民幣賬戶等，不符合財政部、中國人民銀行、監察部、審計署《關於印發<中央預算單位銀行賬戶管理暫行辦法>的通知》關於“中央預算單位只能開設壹個基本存款賬戶”的規定。
外文出版發行事業局預算執行審計結果
審計發現的主要問題：
(壹)2003年，外文局應向下屬單位轉撥預算資金1.15億元，實際轉撥1.08億元，應撥未撥652.2萬元；1999至2002年，財政部撥給外文局部分刊物改版補貼及追加出版虧損補貼等1100萬元，截止2003年底仍未下撥。上述做法不符合《中華人民***和國預算法》關於“各級政府、各部門、各單位的支出必須按照預算執行”的規定。
(二)2003年，財政部批準外文局基本建設經費1446萬元，用於中國互聯網新聞中心業務用房建設和花園村6號樓翻建，但當年未支出。
(三)2003年底，外文局將當年本級集中使用的重點圖書出版經費200萬元撥付給外文局翻譯資格考評中心，用於該中心開辦費； 8.6萬元撥付給《今日中國》雜誌社，用於醫藥費支出。同時，外文局將以前年度本級集中使用的重點圖書出版經費，向服務中心、培訓中心、編研中心撥出174.6萬元，用於辦公用房供暖費和事業費支出。以上***造成383萬元資金被改變用途。
(四)1994年國家計委批準外文局建設職工住宅樓，該項目於1998年竣工，截止2003年底，結余資金394萬元仍掛在賬上，按照財政部《基本建設財務管理若幹規定》關於 “國家投資形成的結余資金，50%上交同級財政部門”的規定，應交未交財政197萬元。
審計風暴後采取的措施
審計署25位局長輪駐各部委 地方實行交叉審計
省部級高官經濟責任審計試點
擬建審計結果公布制
審計署進駐九大國企 新壹輪審計計劃全面激活
中央紀委介入“審計風暴”加強反腐鬥爭 在這份對2003年度中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告中，中央預算管理、中央基本建設預算管理和中央其他部門預算執行中存在的主要問題及壹些案例歷歷在冊：
——1994年，原國家計委批復同意所屬宏觀經濟研究院等7個單位聯建科研辦公樓，辦公樓建成後，原國家計委將其中部分面積用於出租，2001年至2003年***收取租金3285萬元，用於機關離退休幹部醫療費超支等。發展改革委應對出租房產進行清理，報國管局研究處理。
——國家林業局調查規劃設計院等4個單位編造、變造7份“林業治沙項目”貸款合同，套取財政貼息資金415萬元。
——1999年以來，國家體育總局動用中國奧委會專項資金1．31億元，其中用於建設職工住宅小區1．09億元，用於發放總局機關工作人員職務補貼和借給下屬單位投資辦企業2204萬元。
——2003年，國防科工委***分配預算資金162．1億元，年初預留62．91億元，預留比例達38．8%；科技部在年初分配預算資金時，將科技三項費用17．01億元全部預留，直到當年8月至11月份，才采取追加的方式批復到有關地方和部門。
經審計，長江堤防隱蔽工程等部分基礎設施建設存在隱患和效益不高問題，壹批專項資金管理使用混亂且侵害群眾切身利益的事項也“浮出水面”：
——在長江堤防隱蔽工程建設中，部分施工單位買通建設和監理單位，弄虛作假，偷工減料，水下護岸拋石少拋多計，水上護坡塊石以薄充厚，工程質量令人擔憂。抽查5個標段發現，虛報水下拋石量16．54萬立方米，由此多結工程款1000多萬元，部分堤段的枯水平臺已經崩塌；抽查11個重點險段發現，水上塊石護坡工程不合格的標段達50%以上。在這壹工程建設管理中，有關責任人以權謀私、大肆受賄。此案上報國務院後，有關部門立案查處，已逮捕21人。（責任編輯:周庚虎）
——投資22．79億元的國家重點建設項目河南省煤氣化工程，從立項到2001年竣工投產歷時16年，期間燃氣市場供求發生重大變化，但項目決策者和建設單位仍堅持按原定規劃進行建設，致使項目建成後只能按設計供氣能力的壹半運行，經營陷入嚴重困境，僅2002年度就虧損2億多元。
——湖北省黃岡市政府及有關部門弄虛作假，挪用明珠大道項目國債資金1167萬元，侵占安居工程用地110畝，興建“形象工程”——東方廣場，嚴重影響明珠大道的建設。
——武漢市洪山區927畝集體山林地，先後4次被非法買賣，有關單位和個人從中牟利4 000多萬元。
——2003年12月，國家食品藥品監督管理局機關服務中心與兩個公司簽訂協議，擅自將國家無償劃撥給該局位於北京昌平區的216畝土地，以8500萬元的價格轉讓給這兩個公司，用於經營開發。審計後，該局高度重視，正在研究糾正。
——2001年4月，私營企業華海公司在得知武漢市政府準備征用江漢區後湖鄉兩個村805畝土地的情況下，通過該鄉有關領導引薦，未經任何審批手續，分別與兩村簽訂了土地聯合開發合同，“特別”規定，如遇國家征用該地，華海公司保證對兩村每畝地的補償不低於10．8萬元和12．5萬元，若國家征地補償高於上述價格，則超出部分的80%或全部歸華海公司所有。同年8月，武漢市以每畝14．8萬元和14．7萬元的價格征用上述土地，華海公司從中攫取差額1801萬元。華海公司在得到最後壹筆資金兩天後，即向工商部門申請註銷企業。該私營企業主在逃。
——淮河流域安徽、河南、江蘇14個災區縣中，有9個縣采取重報、多報移民遷建戶數等手法，套取災區群眾建房補助資金1．36億元。安徽省霍邱縣降低上級補助標準，克扣1804戶災區群眾的建房資金360萬元。
——2003年雲南大姚地震救災資金管理使用中，截止到2004年3月，中央財政下撥的1．2億元特大自然災害救濟補助費，仍有5174萬元滯留在縣級財政；有關部門擠占挪用救災資金4111萬元，主要用於平衡預算、興建樓堂館所及招待費開支等。
在審計中國工商銀行、原中國人壽保險公司和交通銀行等金融機構資產負債損益時，發現了個人消費信貸等方面存在新的金融風險問題。
——審計中國工商銀行總行及21個分行的資產負債損益情況，查出的主要問題是：違規發放貸款，違規辦理票據承兌和貼現。同時發現各類案件線索30起，涉案金額69億元。（責任編輯:周庚虎）
——工商銀行上海外高橋保稅區支行向“姚康達”壹人就發放個人住房貸款7141萬元，這些資金被用於購買128套住房，炒作房地產。
——審計抽查工商銀行北京翠微路支行辦理的7．91億元汽車消費貸款發現，4家汽車經銷商用虛假資料騙貸達9650萬元。
——票據市場管理混亂。河南洛陽芬萊商貿有限公司與銀行工作人員內外勾結，2002年僅為大連實德塑料工業公司及其關聯企業就“包裝”銀行承兌匯票4．92億元。2001年以來，該公司通過此類“業務”***收取好處費216萬元。
——民營關聯企業騙貸問題突出。廣東省佛山市民營企業主馮某利用其控制的13家關聯企業，編造虛假財務報表，與銀行內部人員串通，累計從工行南海支行取得貸款74．21億元，至審計時尚有余額19．29億元。這些貸款大量轉入個人儲蓄賬戶或直接提取現金，有些甚至通過非法渠道匯出境外。經初步核查，銀行貸款損失已超過10億元。審計發現後，監察部等正在組織力量深入查處。
——原中國人壽保險公司擅自改變保險費率、超額退保、非法代理保險業務等不正當競爭問題金額23．74億元；將保險資金違規出借、投資和興建辦公樓等24．82億元；審計還發現各類案件線索28起，涉案金額4．89億元。這些問題發生在中國人壽保險公司改制前。審計結束後，人壽保險公司非常重視，隨即開展全面整改，問題正在逐步得到糾正。
——2000年至2002年，交通銀行錦州分行與錦州市中級法院、古塔區和淩河區法院聯手作假，用偽造的法律文書上報交通銀行總行核銷175戶企業的“不良”貸款2．21億元。這些被核銷貸款的企業根本不知情，有的還在繼續歸還貸款，歸還的貸款本金及抵押資產的變現收入，被該行全部存入“小金庫”。同時，法院從上述虛假訴訟中收取“訴訟費”，其中錦州市中院和淩河區法院將收取的85．3萬元存入私設賬戶。審計機關將此案移交有關部門查處，已有7人被審查，1人被逮捕。 2007年9月19日審計署發布了49個中央部門2006年預算執行情況的審計公告，與6月底李金華審計長向全國人大常委會提交的1萬多字的審計報告相比，今天近10萬字的公告更加詳盡地向公眾披露了49個中央政府部門及其所屬部門究竟有多少問題資金。
依托中央部門權力收費現象比較突出
李金華在審計報告中說，“12個部門存在違規收費或未嚴格執行非稅收入管理規定的問題，涉及金額1.85億元。”今天的公告，還原了這些部門違規收費的事實。
2005年、2006年，國家發改委通過舉辦大型會議、展覽會等向企業收取贊助費1340萬元，最大的壹筆，是為籌備中國西部人才開發基金會原始基金，向中國石油化工集團公司收取贊助費500萬元；在收費標準未經批準的情況下，國家工商總局商標局收取“特殊標誌登記”費28.5萬元。
還有壹些部門的直屬機構，也在利用其與政府部門千絲萬縷的聯系對外違規收費。比如，農業部所屬中國綠色食品發展中心，違規收費3953.93萬元。
2000年至2006年，教育部所屬全國繼續醫學教育委員會、醫院管理研究所等單位，未經國家發改委和財政部批準，收取證書工本費等3754.15萬元。
衛生部醫院管理研究所等單位，將教育培訓項目交由其他單位承辦，2006年***收取管理費、合作費等83.84萬元。
1997年至2006年，民航總局、民航管理幹部學院自行設立中國民航安全學院、民航企業管理研究基地和中國民航飛行標準培訓中心等9個機構，掛靠在民航管理幹部學院。經抽查，2006年中國民航飛行標準培訓中心未經批準取得培訓收入 132.51萬元。
2003年至2006年，北京首都國際機場公安分局自行收取首都機場候機樓隔離區證件費266.6萬元；2002年至2006年，該分局交通巡察支隊違規收取航空活動區駕駛證、民航車輛牌照費等230.08萬元。
國家安監總局所屬中國安全生產科學研究院未經批準自立項目收費240.56萬元。
李金華曾在審計報告中強調，壹些中央部門的所屬單位依托部門權力收費的現象比較突出。抽查26個部門所屬的138個單位的收費情況發現，有5個部門將享有的收費權轉移、分散到下級單位，涉及收費4.84億元，僅2005年和2006年，這些單位就因此受益1.15億元；有12個部門所屬或管理的28個單位依托部門的權力、影響及公***資源等收取費用，涉及45個收費項目，僅2006年收費就達3.37億元，比上年增長10.8%。
調查表明，收費已成為壹些部門所屬單位最為重要的資金來源，有的甚至依靠收費生存，有些單位收費資金管理比較混亂。
工資、福利、保險的錢來的有問題
壹些實權部門的高工資、高福利究竟怎樣來的？審計報告回答說，有若幹部門通過采取隱瞞收入、虛列支出、挪用專項資金等方式用於發放職工獎金福利等。
今天的審計公告披露了那些違規發工資、福利的部門：2003年至2006年，中國工程院對財政撥款的重大咨詢課題提取管理費387.27萬元，用於職工和離退休人員的工資性支出。
2006年，人民銀行南京分行及其所屬3家分支機構在郵電費、差旅費等科目中，列支發放在職人員補貼、獎金等1735.77萬元；分行本級在辦公費用中，發放崗位責任獎等392.68萬元。
2003年至2005年，農業部畜產品中心以撥付獸藥停藥期試驗費、抽檢費的名義，將其承擔的“無公害農產品安全監測經費”等項目資金186.5萬元轉移到全國畜牧獸醫總站所屬的北京國農工貿發展中心。截至2006年年底，上述資金全部用於畜產品中心和北京國農工貿發展中心等單位人員工資、差旅費等基本支出。
2005年至2006年，農業部農產品質量安全中心畜牧業產品認證分中心等單位在“無公害農產品質量認證”、“動物疫情監測與防治”、“農業信息服務”等行政事業類項目中列支人員經費、公用經費 345.13萬元。
安全監管總局研究中心以虛假憑證套取現金700.88萬元，其中部分用於發放職工獎金補貼。
從2005年4月至2006年年底，外交部機關工會按每人每月50元的標準，向各司局工會發放職工福利費和工會活動費***計 589.85萬元。
科技部中國農村技術開發中心在部分課題研究項目支出中列支在職人員獎金和節日補貼***計164.45萬元。
1997年11月，公安部第壹研究所為離退休職工和在職職工辦理了補充養老保險。截至2006年年底，該所從“專用基金——職工福利基金”中，累計支出保費 5537.01 萬元，其中2006 年支出147.01 萬元。
2006年，稅務總局在公用經費中列支總局人員“精神文明獎勵”和機關職工及家屬療養費用等360.9萬元。
蓋樓攀比之風還未剎住
壹段時間以來，中央部門及其所屬機構在蓋辦公樓上都有攀比之風，審計報告說，民航總局、信息產業部等4個部門所屬的5個單位存在未經批準和超標準、超概算建設辦公樓、培訓中心等問題，涉及金額17.39億元。
2005年，福建省通信管理局在已有建築面積為6650.8平方米辦公樓的情況下，向信息產業部申報建設建築面積9400平方米、投資額4930萬元的“綜合業務樓”，在得到批準後，2006年2月又決定將建築面積調增為1.5萬平方米、總造價調增為 7799萬元。
2004年，寧夏回族自治區通信管理局在已有建築面積為4058.91平方米辦公樓的情況下，向自治區發展改革委申報建築面積1萬平方米、總投資2800萬元的辦公樓建設項目，得到批準。2006年3月，該局將其建築面積調整為6000平方米。
人民銀行西安分行挪用辦公樓建設資金8598.42萬元。截至2006年年底，人民銀行西安分行結存人民銀行總行撥付的辦公樓建設資金1.2億元，其中7804萬元被該分行挪用於建設職工住宅樓，794.42萬元被用於向職工發放住宅樓裝修補貼。
2006年，國土資源部未經批準擅自在部機關大院東段實施綠化工程改造，截至審計時，已用以前年度結余支付工程款140萬元，工程尚未結算。在工程實施中，存在人為縮短投標文件提交時間、建設單位參與評標且評標人員無專業資質、已支付的工程款超過中標價26萬元等問題。
除了超標蓋樓外，還有壹些單位會議超標，買車超標。2005年至2006年，南水北調辦召開的49個會議實際人均支出超過了規定的支出標準，如2005年7月南水北調辦在北京召開的“南水北調工作協調會”，人均房費和餐費為598元/天。
投資不嚴導致國有資產損失
中科院、水利部等13個部門所屬的50個單位對外投資管理不嚴，轉制不規範，少計國有資產和權益等，涉及金額22.84億元。
其中，5個部門所屬的39個單位在轉制和對外投資過程中，少計國有資產和權益20.12億元；4個部門所屬的7個單位出借資金、對外投資造成國有資產損失或潛在損失2.29億元；5個部門所屬的5個單位擅自處置、核銷或低價出售國有資產4300.05萬元。
比如，2000年，經中國科協批準，所屬中國科技會堂（企業）從中國科協所撥給的更新改造專項經費中轉撥530萬元，用於補足中國科協對上海眾達實業投資有限公司（以下簡稱上海眾達公司）的投資；截至2006年年底，中國科協其他應收款中反映應收上海眾達公司以前年度借款1334.2萬元。中國科協已確認對上海眾達公司的上述投資和借款***計1864.2萬元無法收回，形成損失。
中央電視臺向北普陀影視培訓基地有限公司的1.3億元投資，長期未取得投資收益。1994年5月至1996年8月，中央電視臺***向北普陀影視培訓基地有限公司投入資金7760萬元，2003年又以該臺在某信托投資公司的5572.54萬元存款，置換了北普陀影視培訓基地有限公司7021.42萬元股權。中央電視臺應占有北普陀公司1.48億元股權，但十余年來未從該項投資中獲得任何收益。
另外包括
·2006年高法挪用專項業務經費1064萬元
·發改委2006年度向企業收取贊助費1340萬元
·2006年財政部1.57億元未按規定審核備案
·國資委2006年審計結果：擠占項目資金5190.32萬元
·2006年證監會違反支出1805.01萬元