藥店會計常用的賬目：現金日記賬、銀行存款日記賬、總分類賬簿、明細分類賬、商品進銷存帳等。
壹般的藥店會計做賬工作流程就是：取得原始憑證－制作會計憑證－月底匯總做科目匯總表－登記總賬－然後按制作的會計憑證登記明細賬以及庫存賬－總賬和明細賬核對－制作會計報表－如果單位是壹般納稅人做網上國稅申報和地稅申報（這個地方有不同，有的地方還是手工申報）－報完後把留底報表存檔。
附註： 1.審核原始憑證：
（1）外來原始憑證。由業務經辦人員在業務發生或者完成時從外單位取得的憑證，如供應單位發貨票、銀行收款通知等。
（2）自制原始憑證。單位自行制定並由有關部門或人員填制的憑證，如收料單、領料單、工資結算單、收款收據、銷貨發票、成本計算單等。
2.填制記賬憑證：
可以到月底把同類的原始憑證匯總填制記賬憑證，也可隨時發生隨時填 . 但不要把時間順序顛倒了。根據有借必有貸，借貸必相等的記賬規則，編制會計分錄。
3.復合：就是看看有沒有錯誤。
4.記賬：
根據記賬憑證登記入賬，小規模公司必備的賬本：現金日記賬；銀行日記賬；總賬；三欄明細賬。
5.編制會計報表：
（1）根據總賬科目余額填列。可直接根據有關總賬科目的期末余額填列，（如應收票據）有些則需根據幾個總賬科目的期末余額計算填列，如“貨幣資金”，需根據“庫存現金”、“銀行存款”、“其他貨幣資金”三個科目的期末余額的合計數填列。
（2）根據明細賬科目余額計算填列。如“應付賬款”，需根據“應付賬款”和“預付賬款”相關明細科目的期末貸方余額計算填列。
（3）根據總科目和明細科目余額分析計算填列。如“長期借款”，需根據“長期借款”總賬科目余額扣除“長期借款”明細科目中將在壹年內到期限的長期借款部分分析計算填列。
（4）務查登記簿記錄。會計報表附註中的某些資料，需要根據備查登記簿中的記錄編制。
6.納稅申報：
1、增值稅：
銷售或購進貨物、提供加工或修理修配勞務是要繳納增值稅的。小規模納稅人的增值稅率為3%。
2.營業稅：
營業稅的納稅義務人，是在中華人民***和國境內提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產的單位和個人。不同行業的營業稅率不同。
3.地稅：
還要交地稅，就是在營業稅的基礎上，分別按7%征收的城建稅(還有5%、1%，視城市大小而定）和3%的教育費附加和地方教育附加1%（或2%，也是各城市不同）。
4.所得稅：
不論是工商業還是服務業，都要按利潤繳納企業所得稅，具體征收辦法：按照企業所得稅申報表的要求，逐項填寫收入、成本、費用、支出，算出利潤，按照稅法的有關規定進行納稅調整，計算出應納稅所得額。