首先，區別
1，審計主體不同。
政府審計的主體是國家審計機關；內部審計的主體是本單位和本部門的審計機構和人員；註冊會計師審計的主體是經國家有關部門批準的註冊會計師事務所。
2.法律依據和審計標準不同。
政府審計主要依據《中華人民共和國審計法》和國家審計準則；內部審計主要依據審計署關於內部審計的規定和內部審計準則；註冊會計師審計主要依據《中華人民共和國註冊會計師法》和中國註冊會計師審計準則。
3.審計的獨立性是不同的。
政府審計和內部審計是單向獨立的；而註冊會計師審計是雙向獨立的。
4.不同的審計方法。
政府審計和內部審計是授權審計；而註冊會計師審計是委托審計。
5、審計對象不同。
政府審計的服務對象是同級國家及其相關管理機構；內部審計的服務對象是單位的主要領導及其相應的管理人員；註冊會計師審計的服務對象是委托單位，即所有營利性和非營利性單位。
6.有償審計服務則不同。
政府審計和內部審計是免費審計；而註冊會計師審計是付費審計。
7.審計實施的手段不同。
政府審計根據審計結果出具審計意見。被審計單位拒絕采納的，政府審計部門可以依法強制執行；註冊會計師應當根據其審計結論出具獨立、客觀、公正的審計意見，以合理保證審計報告使用者能夠確定經審計的會計報表的可靠性；內部審核按照本單位的相關規定進行。
第二，聯系
1，政府審計、內部審計、註冊會計師審計都是審計工作，構成審計監督體系，不可替代。
2.三者的工作方法是壹致的。
3.外部審計的結果對內部審計具有指導意義。
4.三種審核的結果對內部審核具有指導意義，外部審核可以使用內部審核的結果。政府審計和註冊會計師審計之間的審計結果也可以相互參考，提高工作效率。
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