莆田學院現有16個二級學院，包括文化與傳播學院、外國語學院、數學與金融學院、環境與生物工程學院、機電工程學院、信息工程學院、土木工程學院、工藝美術學院、音樂學院、體育學院、管理學院、商學院、護理學院、藥學與醫學技術學院、臨床醫學院、基礎教育學院。
52個本科專業形成了以“工學、醫學、管理學”為主的8個專業群，包括機電、信息、土木、醫學、文化產業、商業與公共服務、環境與生物化學、工藝美術，涵蓋理、工、文、管、醫、教、藝、經8個學科。全日制本科生近1.6萬人。