手工記賬使用的工具是算盤、機械或電子計算器，計算過程中無法自動存儲計算結果，不得不讓人邊計算邊記錄，工作量大，速度慢:記賬軟件完成的工具是電子計算機，數據處理過程由計算機自動控制和存儲。
2.會計信息的載體是不同的
手工記賬以紙張為信息載體，難以保存和查找；會計軟件完成會計核算後，會計數據保存在磁性材料或電氣材料上，數據可多份保存，保存性好，調用和查閱方便，數據可用性高。
3.記賬規則並不完全相同
手工會計規定日記賬和總賬要用定制的賬本，明細賬要用活頁本；賬簿記錄的錯誤要劃橫線更正，賬頁的空行和頁數要用紅線劃掉。在使用會計軟件時，為了保證審計線索不會中斷，規定所有已經登記過賬的數據不得更改。即使有錯誤，也只能通過會計軟件提供的“核銷憑證”或“補充憑證”的方法進行更正，以留下更改的痕跡。
4.會計流程的類型有所不同。
手工會計常用的會計處理流程主要有四種，分別是:會計憑證會計處理、匯總會計憑證會計處理、賬戶匯總表會計處理、多欄日記賬會計處理。但這些都無法避免重復抄算的弱點，隨之而來的是人員環節和誤差的增加。
會計軟件進行會計核算時，會計處理流程的類型壹般有兩種方案。壹種解決方案是模仿手工記賬流程。目前，這種方案廣泛應用於會計軟件中；第二種方案是理想化的自動處理流程，即1。會計憑證(或條形碼)的磁化。在標準化的記賬憑證上，用磁性墨水(或條形碼)書寫，經閱讀器識別後，將數據發送到計算機。2.電腦中以資產負債表、利潤表、現金流量表、所有者權益變動表四張財務報表為中心分別處理數據，同事協助成本核算模塊程序。3.用戶定義輸出形式和結果，輸出設備提供查詢和打印。
5.不同的內部控制方法
手工會計的內部控制主要通過組織體系和崗位牽制體系來實現。它體現在會計組織中人與人之間的相互聯系和制約上，如職責分工制度和內部牽制制度。但用會計軟件核算後，內控形式更加豐富，除了保留手工核算的兩種內控外，還增加了新的程序控制方式。