組織協調局行政事務，處理局黨委和行政日常事務；負責重要會議的組織協調工作；負責重要文稿的起草、文件審核和消息處理；負責對外聯絡、政務信息、宣傳、信訪、監察、檔案、保密、接待、安全和後勤管理工作；負責辦理全國人大代表的批評和建議、CPPCC委員的提案；負責公章、介紹信、辦公系統溝通、車輛管理等職責。
(2)組織人事科
負責制定並組織實施全局黨組織建設工作計劃；負責局機關領導班子和後備幹部隊伍建設；負責機關及直屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資、社會保險、人事檔案、考核和行政獎勵；負責專業技術人員智力工作和崗位晉升的申報、考核、聘任及相關管理；負責人力資源開發和人員培訓；負責計劃生育、統戰和老幹部工作，指導工人、青年、婦女等群體工作。
(三)法制部門(掛“行政許可服務部門”牌子)
負責局系統行政法制建設，組織實施行政執法責任制；指導改革工作和建設監理工作；組織協調規範性文件的規劃、起草、修訂、審查和報批工作；負責行政處罰的立案、審查、處罰決定、申請執行和備案的日常工作，代理行政復議和行政訴訟；負責公共權力網上運行和行政許可服務的統壹行使；負責建設系統行政執法人員的業務培訓和執法證件管理；負責普法教育，做好建設法律、法規和行政措施的宣傳教育工作。
(4)綜合規劃科
參與編制城市建設發展戰略和近期規劃；負責編制城市市政維護建設、市政工程和園林綠化項目年度計劃，並指導和監督實施；負責制定年度項目資金分配計劃；參與局內建設項目施工方案變更和工程款追加的聯合審批；制定事業單位年度工作目標計劃；負責局系統的綜合統計工作；負責統計人員的業務指導、培訓和考核。
(5)工程技術管理處(標有“總工辦”字樣)
參與制定建設科技進步計劃，負責重大技術文本的編寫和論證；負責重大技術管理規章的起草和審查；參與城市總體規劃、分區規劃和詳細規劃的制定和論證；組織建設項目評估活動；參與重大工程項目的質量驗收和重大工程技術事故的處理；負責勘察設計行業技術政策和國家強制性技術標準的實施以及勘察設計企業的資質管理；負責建設項目初步設計的審批和施工圖設計的政策審查；負責涉外建設項目的審查，參與重大市政工程項目和變更方案的聯合審查；負責城鄉建設工程抗震設計規範管理和抗震設計審查；負責建築節能和建築科技工作；負責本系統專業技術人員的業務考核和技術教育；指導本系統學會、協會等社會學術團體開展各項活動。
(6)財務科
貫徹執行國家有關財經法規、政策和制度；負責局系統預算計劃的編制和執行，制定資金籌集和使用計劃；負責制定事業單位的經濟目標計劃和考核；負責局系統政府采購項目的審核和審批；定期組織對局系統所屬單位的財務管理、成本管理、預算管理、會計核算監督、經濟活動分析等進行考核和檢查；參與重大經濟合同和協議的研究和審查；負責機關財務管理，做好各項建設費的征收、管理和使用，並進行監督；負責局系統會計人員的業務指導、培訓和考核。
㈦審計科
負責局機關建設項目竣工決算的審核和上報；負責對局建設項目跟蹤審計組聘用的中介機構和人員的績效進行監督管理；負責局機關系統單位年中和年終財務審計，為事業單位年終考核提供依據；審計企事業單位法定代表人；對嚴重違反財經紀律的失職行為進行專項審計；負責其他專項審計；負責上級審計部門對局系統各項審計的協調與配合。
(8)村鎮建設管理科
宣傳貫徹上級有關村鎮建設的方針、政策、法律、法規，在村鎮建設中履行行業管理職能；負責與省建設廳、無錫市建設局等上級部門的聯系，與各鎮的聯系溝通，做好各鎮與局在建設、發改、質監、安監、拆遷等處室的協調工作；組織、聯系和指導各類村鎮創建和城鎮新型農村社區建設，負責村鎮整治規劃的制定和資金的銜接，負責小城鎮建設的年度考核和獎勵；負責各鎮建管所人員的專業培訓；負責村鎮建設信息數據的統計、匯總、上報和反饋。
(9)人防工作管理科
負責全市人防建設規劃、計劃、管理和統計；負責人防工程和城市地下空間的建設、管理、開發利用，組織人民防空宣傳教育，組織全市人防幹部和專業技術人員的教育培訓；研究制定人民防空指揮機構戰時體制轉換方案，
此外，按照有關規定設置紀檢監察機構。