醫藥企業是我國國民經濟的重要組成部分，新中國成立以來，特別是改革開放20多年，我國已經形成了比較完備的醫藥工業體系和醫藥流通網絡，發展成為世界制藥大國。據統計口徑：我國現有醫藥工業企業3613家，可以生產化學原料藥近1500種，總產量43萬噸，位居世界第二。目前，由於大多數醫藥企業不僅規模小、生產條件差、工藝落後、裝備陳舊、管理水平低，生產成本劇增，新藥創新基礎薄弱，醫藥科技投入不足，導致產品更新慢，重復嚴重。我國醫藥企業，尤其是在發展中的醫藥企業，內部會計控制受重視程度直接取決於企業主的態度。另外，企業主要是以重要項目的內部會計控制為主，企業組織結構相對簡單，其內部會計控制主要是對現金、應收賬款、采購、資產管理、投融資等重要項目實施程序控制和人員控制。
(壹)醫藥企業內部會計控制範圍廣泛
作為醫藥企業，常規性的業務循環包括銷售與收款循環、采購與付款循環、成本與費用循環、存貨管理循環、人力資源循環、固定資產循環、貨幣資金循環、商業智能決策管理等。與壹般企業內部控制不同的是，醫藥企業內部會計控制的範圍更加廣泛，醫藥企業的內部會計控制應根據其業務循環應包括會計控制和管理控制等內部控制的全部內容。醫藥企業的會計控制主要內容包括職權控制、資金控制、成本費用控制、內部審計控制、風險控制等，將壹般企業內部會計控制的範圍進行了更深入的拓展。而管理控制主要是用制度、流程來規範管理行為，即標準化操作。也就是說，醫藥企業內部會計控制從業務流程和控制環境兩方面同步著手進行管理。
(二)醫藥企業內部會計控制在執行層上的監控管理力度加大
醫藥企業對內部會計控制的監督力度是從嚴的。這是由醫藥制造行業本身的特殊性所決定的。醫藥生產廠家制造出來的藥品質量關系到社會公眾的安全，為提高藥品生產質量管理水平,加大監控力度,醫藥企業必須嚴格執行藥品生產質量管理規範。醫藥企業內部會計控制的更高要求推動了醫藥制造企業重視質量管理和提高質量管理水平。
(三)醫藥企業內部會計控制處在動態的環境管理中
2009年,金融危機席卷全球,導致世界經濟嚴重衰退,也沖擊了全球醫藥市場,醫藥市場在壓力之下將重構格局。與此同時,我國經濟也面臨著周期性調整和結構性調整的雙重壓力,從而給我國醫藥行業的發展帶來了巨大的挑戰。雖然,醫療衛生體制改革的積極推進以及市場規範化程度的提升給我國醫藥行業的發展帶來了機遇,但是這壹機遇也面臨諸多不利因素和負面影響。負面影響來自於對藥品價格水平下降的擔憂,不確定性更多來自於政策的執行力度。新醫改方案的出臺,標誌著全民醫保和新醫改將進入實施和推進階段。另外，醫藥衛生行業面臨著復雜多變的國內外經營環境,以及不定期爆發的各項公***衛生危機，因此，醫藥制造企業的內部控制制度應隨著外部環境的變化、公司業務職能的調整和管理要求的提高，不斷修訂和完善。可以說，未來幾年，我國醫藥企業內部會計控制的環境是不穩定的，將隨時處在壹個動態管理的環境之中。
(四)醫藥企業內部會計控制的重心在風險評估
風險評估系統能夠識別醫藥企業外部因素和內部因素對生產廠家管理構成的風險程度。對影響醫藥企業內部目標實現的風險進行評估是評估風險發生可能性的前提。醫藥企業應根據藥品生產的各項規章制度來降低生產經營的風險，並且匯總出現的問題，及時對其進行解決，從而降低風險的形成。正是因為涉及人民生命健康的醫藥制造業,風險大,風險評估的迫切性非常強，企業應使風險評估和風險管理的目標和要求滲透到各項業務過程和各個操作環節。因此，醫藥制藥企業內部控制制度必須涵蓋公司內部產、供、銷各項經濟業務、各個部門和各個崗位，並針對業務處理過程中的關鍵控制點如資金的管理、原料藥的采購、藥品的生產、藥品質量安全控制等落實到各個環節。除此之外，醫院還要根據生產各個環節的實際情況進行綜合評估，從而做出投資的可行性分析報告，達到降低投資風險的目的。
二、醫藥企業內部會計控制存在的問題
加強醫藥企業內部會計控制是企業財務管理的重要內容，同時對企業的經營活動也起著調節和約束作用。下面以廣州白雲中藥廠為例來分析目前醫藥企業內部會計控制失效的狀況。廣州白雲山中藥廠成立於1988年5月，占地面積12000多平方米。公司正式在編員工壹千余人，其中科研技術人員占壹半以上，公司現擁有九大劑型，140多個品種，主要產品有：板藍根顆粒，復方丹參片，口炎清顆粒，消炎利膽片，六味地黃丸、穿心蓮片，腦心清片，丹紅化淤口服液，以及白雲山涼茶等。經過幾十年的