註冊會計師的總目標是評價和審查被審計單位財務收支活動的真實性、正確性、合理性、合法性、合規性、公平性、有效性和壹致性。根據我國《獨立審計基本準則》，獨立審計的總目標是對被審計單位會計報表的合法性和公允性發表審計意見。總審計目標的確定是以審計環境為基礎的，並隨著審計環境的變化而變化。
根據審計環境的變化，審計可分為明細審計、資產負債表審計和財務報表審計三個階段，審計發展的不同階段審計總目標的內涵也不同。雖然總體審計目標發生了變化，但註冊會計師審計的主要職責仍然是對被審計單位的財務報表進行審計。財務報表的合法性和公允性壹直是註冊會計師審計的主要目標。