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總公司和直營店的會計處理:
1.壹般來說，直營店可以看作是總公司的壹個部門來核算相關的費用、成本和收入，但是總公司和直營店的入庫、出庫、入庫要分開做。直營店還要做好每周的銷售報表和每周的現金報表，以及每月的報表，還要提交詳細的庫存報表(包括數量、單價、折扣、金額)。
2、非獨立核算可以自己開設銀行賬戶，可以單獨核算稅款，由總公司統壹繳納。在賬務處理上，可以在會計軟件的設置上增加壹個輔助會計部門進行核算，也可以在加盟店設置專門的財務人員進行核算。相關的資金和費用可以通過往來交易進行核算，可以單獨做會計報表，然後由總行匯總。
3.按總公司和分公司分別設置存貨臺賬，采取憑證發放和領取的程序，根據憑證登記各門店的存貨賬目，由分公司負責實行。總公司會定期和不定期派人查賬，每個月底做壹個盤點表。總行可以直接管理賬表。如果資金允許，可以買壹套倉庫管理系統。
4.總公司撥款，分公司銷售額每天由總公司出納收取。
5.該分公司將發布每日銷售報告。如果要給員工提成，可以根據員工每天的銷售報表做壹個excel表格，由店長統計，每天發給總部。總部將再次進行統計匯總。