企業應當依法按照獨立核算原則進行核算。而跨省分公司與總公司之間的業務往來通常較為繁雜，涉及到資金、物資、人員等多個方面，如果不按照獨立核算原則進行核算，可能會導致會計數據混亂，財務風險增加，企業經營困難等問題。因此，跨省分公司壹般應當按照獨立核算原則進行核算。
不過，在實際操作中，由於跨省分公司在業務範圍、行業特點、地域差異等方面存在差異，企業可以根據自身情況，選擇合適的會計核算方法，如獨立核算、分部核算、統壹核算等。在選擇非獨立核算方式時，應當符合國家有關規定，遵循真實性、公正性、合法性的原則，保證會計核算數據的準確性和合規性。
跨省分公司獨立核算需要註意以下事項：
1、註冊登記：跨省分公司需要在當地工商行政管理部門進行註冊登記，取得企業法人營業執照，並按照獨立法人的原則進行管理；
2、會計核算：跨省分公司需要按照《中華人民***和國企業會計準則》進行會計核算，確保會計數據的真實、準確、完整；
3、稅務申報：跨省分公司需要按照國家稅收法規和相關規定，按期申報企業所得稅和其他稅種，遵守稅務管理規定，確保稅務申報的準確性和合規性；
4、財務管理：跨省分公司需要建立健全財務管理制度，對財務收支、資產負債、成本費用等進行規範管理，加強內部風險控制，防範經營風險；
5、人力資源管理：跨省分公司需要建立健全人力資源管理制度，包括招聘、培訓、績效考核、勞動合同管理、社會保險和福利等方面，確保員工權益和企業經營穩定；
6、法律合規：跨省分公司需要遵守國家法律法規和相關規定，不得從事違法違規的經營活動，如偷逃稅款、虛假報賬等行為，以免涉及到法律風險和經濟損失。
綜上所述，跨省分公司獨立核算需要註意以上事項，建立健全制度，加強內部管理和風險控制，確保企業合規經營，避免出現經營風險和法律責任。
法律依據：
《中華人民***和國公司法》 第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。