辦公室
（與黨委辦公室、紀檢監察辦、工會辦公室合署辦公）
負責組織、協調全所的日常工作，處理所領導及辦公室日常行政事務；負責草擬領導講話等重要文字材料；負責公文審核、文件及檔案資料管理；負責重要事項的催辦、督辦工作；負責統籌和協調重要接待及交易所綜合會議和大型活動的會務工作；負責與上級部門、地方政府及有關方面的協調、聯絡工作；開展國際交流與合作；負責黨委辦公室、紀檢辦公室、工會辦公室日常工作；負責理事會日常事務；承擔保密委員會辦公室職責。
交易部
負責期貨、期權交易制度研究與設計、交易風險控制及制度設計；負責交易大廳管理、交易參數、交易編碼等日常交易運作管理；負責會員會籍、出市代表、席位管理，為會員和投資者提供交易服務。
交割部
負責交割流程業務管理，主要包括質檢管理、倉單管理、倉庫抵押金及保證金管理、套期保值等業務管理；組織實物交割的實施，防範和化解交割風險；負責檢查、監督和管理交割倉庫；負責交割業務制度、規則以及現貨市場相關問題研究；負責指導三個市場發展與服務總部做好交割倉庫管理的有關工作。
結算部
負責每日交易清算和結算服務，主要包括辦理日常交易、交割結算業務，資金往來匯劃業務，質押業務及保證金管理；負責編制結算帳表，統計、報告交易結算情況；負責監督結算銀行期貨業務；負責期貨結算制度研究，控制結算風險。
技術部
負責交易所信息系統（含基礎設施、服務器、網絡、數據庫、信息安全等）的建設（軟件開發除外）、運行維護和管理；負責交易所、會員單位的技術支持服務；負責交易所新建項目的基礎設施、服務器、網絡、數據庫、信息安全等系統的設計、實施及集成工作。
信息部
負責交易所數據信息的分析、利用、統計和報送；負責期貨市場、現貨市場和相關行業的信息采集、組織、整理與分析研究；負責網站管理；負責交易所對外宣傳的策劃、組織和實施，與媒體進行溝通和協調。
規劃研究部
負責交易所發展戰略研究以及相關政策研究；負責新品種規劃研究；負責國內外市場比較研究；負責博士後工作站的日常管理；承擔市場發展創新委員會辦公室職責。
市場發展部
負責研究制定交易所市場開發戰略規劃；負責三個發展與服務總部所轄區域以外地區的市場開發工作，組織市場調研，搜集和分析市場反饋；負責全所市場宣傳資料的編寫、制作和管理；負責全所市場培訓以及市場服務工作的組織和協調；負責指導和協調三個市場發展與服務總部的市場開發工作。
法律事務部
負責組織擬訂和完善交易所的章程、規則和實施細則；審理違規、違約事件；負責司法協助、出證，代表交易所對外進行法律訴訟；負責市場糾紛調解工作；審核交易所出臺的規章、法律文件；監督和協調交易所各部門有關法律、法規、規章、政策的執行；對會員和客戶進行期貨相關法律知識培訓。
監察部
負責監控市場風險，防止市場操縱；對會員、客戶遵守交易所業務規則情況進行監督檢查；負責調查各類市場違規、違約行為；受理信訪、投訴；配合證監會系統及其他相關部門開展市場監管事務；對市場參與主體進行風險教育和培訓；承擔市場風險防範委員會辦公室職責。
財務部
負責交易所各項財務活動的管理、並指導監督直屬單位的財務管理工作；負責建立、健全並執行交易所各項財務管理規章制度，組織實施交易所預算管理、編制年度預決算；負責資金籌措與使用，進行會計核算與財務分析；參與資產購置、資產管理、工資福利制度等工作；承擔財務工作委員會辦公室職責。
人力資源部
負責交易所人力資源規劃、開發和管理工作。負責編制內設機構設置、職能以及人員使用規劃；辦理員工招聘、調配、職務聘任手續；負責績效考核、薪酬制度設計、員工培訓、人才引進、在職再教育工作；負責與***青團組織的聯系。
審計室
負責對交易所有關財經工作進行監督、定期進行分析、評價，提出意見和建議。對交易所財務收支及資產管理情況，重大投資事項，內部控制制度的制定及執行情況，財務預算編制及執行情況，經濟管理和效益情況實施監督；負責對交易所派出機構、內設部門、下屬單位負責人及財務狀況的內部審計。
行政部
負責交易所行政服務和後勤保障工作。協助辦公室負責交易所的綜合會議和大型活動的組織、安排；負責全所設備、物品的采購及合同、協議的簽署和管理；負責固定資產和低值易耗品的管理和發放；負責設備的維修和保養；負責員工公寓管理、員工的醫療保健服務等工作。