中國少年軍校總校1996年4月獲批籌建，1999年10月正式成立。中國少年軍校總校領導機構由團中央、全國青年工作委員會、教育部、解放軍總政治部、全國國防教育辦公室和公安部、武警部隊等有關部門組成。原中共中央政治局委員、國務委員兼國防部長遲浩田上將擔任總校名譽校長，並為總校題寫校名。團中央書記處常務書記、全國青工委主任趙勇任總校校長，兩名常務副校長分別為團中央書記處書記、解放軍總政治部群眾工作辦公室主任、國防教育辦公室主任。* * *團中央青年部、國防教育辦公室、教育部體藝司、公安部消防局和交管局、武警部隊政治部群工部、中國少年先鋒隊事業發展中心、中國青年軍事學院房山基地各1名負責人擔任總校副校長。中國少年軍校總校設立辦公室，負責少年軍校日常工作，下設“示範校”管理辦公室、培訓部、聯絡部、活動部、供應部、財務部、基地辦公室。
中國少年軍校房山基地位於北京西南郊，占地6543.8萬畝，總投資近3000萬元。建築面積20000平方米，可同時容納3000人進行各種活動。基地依山傍水，環境優美。3萬平方米的訓練場，視野空曠。主體建築形似萬裏長城，內部是壹排排延安窯洞，充滿傳統教育內涵。總校基地有訓練場、靶場、水上沖浪、軍事裝備、軍事遊戲、火炮射擊、野外生存等訓練設施和場地；有壹支經過專業訓練的教官隊伍；同時，建立了強大的後勤服務保障體系。中國少年軍校總校房山基地自成立以來，已接待北京市軍訓學生和全國青少年70余萬人次參加各類國防教育活動。是北京乃至全國青少年體驗軍營生活、學習國防知識、掌握軍事技能、磨練意誌力、培養團隊精神的理想場所。
中國少年軍校自成立以來，在組織、領導、管理和服務全國少年軍校方面發揮了重要作用。先後制定了《中國初級軍校學員手冊》、《中國初級軍校訓練大綱》、《中國初級軍校總校章程》，統壹了初級軍校管理教育和軍事訓練的基本規範。統壹的校服、校徽、校歌和識別標誌。出版長篇報告文學《中國少年軍校》、《軍事少年(光盤)》、《少年軍校教育掛圖》等教材；通過《少年軍校工作簡報》，轉發和推廣了少年軍校開展活動的大量先進典型經驗。特別是總校組織的爭創“全國少年軍校示範校”活動，有力地推動了全國少年軍校向著管理規範化、訓練規範化、活動制度化的“三化”建設目標邁進。目前，中國已有300多所少年軍校達到了“示範校”的標準。為各地少年軍校活動的蓬勃健康發展起到了良好的示範作用。
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