第壹條為加快水利建設，提高防洪減災和水資源配置能力，緩解水資源供需矛盾，促進經濟社會可持續發展，根據國務院關於充實完善水利建設基金的要求，制定本辦法。
第二條水利建設基金是水利建設的專項基金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用於關系經濟社會發展全局的重點水利工程。地方水利建設基金主要用於地方水利工程。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設項目，我國跨國河流、邊境河流重點保護工程管理投資由中央和地方共同承擔。
第三條中央水利建設基金的來源:
(壹)從車輛購置稅收入中定額提取。
(二)從鐵路建設基金和港口建設費收入中提取3%。
(三)經國務院批準用於水利建設基金的其他資金。
第四條地方水利建設資金的來源:
(壹)從地方政府性基金(收費、附加費)中提取3%。應從水利建設基金中退出的地方政府性基金(收費及附加)包括:養路費、公路建設基金、車輛通行費、道路運輸管理費、地方交通和公安部門駕駛員培訓費、地方分擔的電力建設基金、市場管理費、個體工商管理費、征地管理費、市政設施配套費。
(二)有重點防洪任務的城市應劃出不低於15%的城市維護建設稅用於城市防洪建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。
有重點防汛任務的城市有:北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、嶽陽、成都、廣州、南寧。
(三)省、自治區、直轄市人民政府批準的水利工程和防洪設施基金(基金、附加費、手續費)，統壹納入地方水利建設基金。
第五條中央水利建設基金劃轉辦法由財政部會同國家計委、水利部另行制定。地方水利建設基金劃轉辦法，由省、自治區、直轄市人民政府參照中央水利建設基金劃轉辦法，根據各地實際情況制定。？