從4世紀到9世紀，發展成許多城邦，農業集約，城市集中(蘇美爾文明和希臘文明也是城邦文明)，其中最大的城邦有100-20萬居民。瑪雅文明進入輝煌時期，表現在文字的使用、紀念碑的建立、建築的建造和藝術的展示等方面，最引人註目的遺跡是建在宗教中心的金字塔、與之相伴的宮殿以及刻有石碑，石碑上用象形文字書寫，主要描述家譜、戰爭勝利和其他成就。
從9世紀開始，古典瑪雅文明的城邦逐漸衰落。從10世紀到110世紀末，曾經繁榮的瑪雅城市被遺棄，被叢林覆蓋。在南方瑪雅叢林文明衰落的同時，在尤卡坦半島北部大草原出現了以陳馳·伊察為首的壹些瑪雅城邦，它們是南方瑪雅叢林文明的繼承者。由於北部瑪雅草原地區人口或人口密度相對較小，北部草原瑪雅人的文明繁榮程度不如之前的南部叢林。
1221推翻了陳馳伊察的城邦政權，隨後是瑪雅潘為首的城邦聯盟。1441年，瑪雅潘政權因內亂而崩潰。當哥倫布在公元1492年到達美洲大陸時，瑪雅地區實際上已經處於解體狀態。16世紀，瑪雅帝國被西班牙毀滅。