在艾森曼格綜合征患者中，這種病理變化將與從毛細血管和肺血管內皮細胞前的不同外周細胞和中間細胞伸展出來的外周肌肉的損傷壹樣，導致細胞水平的壹系列變化(涉及肺血管疾病的病因)。例如，環磷酸鳥苷和環磷酸腺苷通過改變內皮非依賴性物質(異丙腎上腺素、硝普鈉)和內皮依賴性物質(乙酰膽堿)機制而被激活，導致肺血管舒張。隨著內皮功能障礙，肺血管阻力增加，最終左向右分流減少。最後，當阻力顯著提高時，分流變成雙向，然後由右向左。從長遠來看，有缺陷的肺血管阻力增加的患者比那些有同樣損傷但想修復的患者情況更糟。這可能與左心室和右心室循環之間缺乏溝通有關，右心室循環對有肺動脈高壓風險的患者來說是壹個“壓力安全閥”。為了支持這壹理論，以前的研究證實，艾滋病患者維持正常的右心房壓力是以右向左分流即血液不飽和為代價的。此外，艾森曼格綜合征患者的心輸出量大於原發性肺動脈高壓，推測是繼發於壓力安全閥機制。