1.蛋雞生產成本控制問題
在我國，相對於人均17～18千克的禽蛋消費量，作為較低收入水平的國家，已經足夠了。進入21世紀，隨著消費格局主體的轉移，人均消費水平不會繼續出現大幅的上漲，我國蛋雞產業進入緩慢增長的“平臺期”，產業發展趨於飽和，這樣會導致蛋雞生產者競爭加劇，即便是豐產也不壹定豐收，甚至會出現虧損的局面。如果蛋雞生產者長期面臨微利或虧損的境地，既不利於蛋雞產業的穩定、發展，也不利於消費者的穩定需求。
盡管我國是蛋雞飼養量第壹大國，但蛋雞的單產水平和成本控制、質量控制仍不及其他先進國家。蛋料比達不到正常水平，3∶1的料蛋比使飼料成本居高不下。現在需要努力的方向是控制發展總量，提高單產水平和總體質量。同時，較大幅度地節約成本。如果我國蛋雞的社會平均單產水平能提高到15千克，則蛋雞存欄量可壓縮3億～4億只，按每雞20元的投資成本核算，每年可節省投資60億～80億元；如果包括配套種雞等方面的投資，其節約總值還要多。
2.產品質量問題
雞蛋的質量與衛生安全直接關系著人們的健康，消費者也越來越重視食品的安全衛生、質量問題，綠色、安全、營養、健康蛋品消費已成為大勢所趨。但目前我國蛋雞產業在這方面並未給予應有的重視，藥物殘留、蛋品質劣等問題始終未得到有效的控制，這既破壞了雞蛋產品的市場競爭力，影響了蛋雞產業的健康正常發展，也損害了消費者的利益和健康，同時也影響著人們的消費心理以及人們對雞蛋產品的正常需求。
從技術角度講，雞蛋的衛生質量中最重要的是疫病控制、沙門氏菌檢疫、藥物殘留控制及飼料原料品質控制。①雞群健康狀況和所使用的飼料原料質量以及藥物等方面的因素，引起雞蛋產品質量下降，如褐殼蛋雞的蛋殼顏色常常出現深淺不壹、蛋殼表面粗糙以及有黑褐色斑點附著等，影響消費者的購買欲，而且不符合雞蛋出口標準；②雞蛋中沙門氏菌、大腸桿菌、支原體等病原微生物的陽性率偏高，某些特定的檢測藥物殘留量超標，這些不僅是我國雞蛋出口的主要障礙，也是目前雞蛋產品進入國內消費市場的重要制約因素。③在蛋雞生產過程中，生產者沒有對生產過程所造成的環境汙染給予應有的重視，雞糞隨地堆放、汙水四處流淌、死雞隨便丟棄或出售的現象時有發生，這也是造成蛋雞疾病難以有效控制的重要原因。
3.產品層次單壹問題
缺乏真正優質高檔的雞蛋產品，無法滿足不同消費階層、消費群體的需求。壹般來講，產品再加工增值可達到1～3倍，雞蛋產品深加工是刺激消費增長、穩定蛋雞生產、穩定市場價格的重要措施，也是蛋雞產業化經營的核心。國外的許多經驗告訴我們，我國蛋雞產品應該在加工技術與工藝、蛋品加工機械自動化、清洗、消毒、分級蛋、液體蛋、分離蛋、專用蛋粉、生化制品等方面重點研究，並進行推廣和應用，依據國內外市場的需求組織生產，提高企業產品在國際市場上的占有率。
4.小規模、大群體的產業結構問題
小規模、大群體是我國目前蛋雞生產的基本結構，造成我國蛋雞產業小規模、大群體結構的原因很多，主要表現在以下方面：
（1）以大量小農戶為基本經營單位的生產模式，以及我國農村經濟欠發達，導致了我國農戶在資本投資方面存在缺陷，從而決定了我國蛋雞產業以小規模生產模式為特征的客觀資本基礎。
（2）我國農村大量剩余勞動力的存在，是蛋雞產業形成以“大群體”為特征的客觀人力基礎。人多地少的矛盾及種植業機械化的推進，使農村有大量的剩余勞動力，受工業化發展進程的限制和其他原因的影響，這部分剩余勞動力還無法得到有效的轉移，從而形成了蛋雞產業“大群體”的客觀人力基礎。
（3）蛋雞產業投資可多可少，技術相對簡單，基本不存在進入壁壘，使我國廣大農戶以小規模投資於蛋雞產業成為可能。小規模、大群體的蛋雞產業結構在我國蛋雞產業的成長期，為蛋雞產業的快速發展提供了根本的保證。
我國蛋雞產業進入到增長緩慢的“平臺期”後，小規模、大群體結構的缺陷以及由此而帶來的市場主體的“行為缺陷或障礙”也越來越明顯地顯現出來，嚴重制約著我國蛋雞產業的可持續發展。主要表現：①小規模、大群體的產業結構是價格大幅波動的主要原因之壹，蛋雞產業處於完全競爭的狀態，蛋雞生產的周期性生物學特點及雞蛋的需求彈性小於供給彈性的經濟學特點，是典型的“蛛網不穩定”條件，使價格與產量波動越來越大，離開均衡點越來越遠，結果導致價格的大起大落。②小規模、大群體的產業結構降低了資源的有效配置和利用效率，無法使社會、自然資源得到有效的配置。③小規模、大群體的產業結構難以實現以技術密集型為特征的現代化生產方式。④小規模、大群體的蛋雞產業結構決定了蛋雞飼養者沒有能力將產品直接銷售到終端市場，這樣，中間商就成為了蛋雞生產者實現產品銷售的不可缺少的環節，導致了較高的產品銷售成本，這充分說明了目前我國的蛋雞產業結構導致了不合理的產品交易成本。⑤小規模、大群體的蛋雞產業結構，在技術轉化、推廣方面尚有障礙，因此更談不上技術創新。⑥小規模生產不利於產品的深加工。
現在要理智思考的是：優化產業結構，發展以中等規模為主體，大、中、小規模並存的產業結構模式，引導和鼓勵蛋雞產業向產供銷壹體化發展，強化蛋雞產業產品深加工能力，加強市場潛力的開發，強化品牌戰略意識，增加出口貿易，擴大市場份額，逐步形成四季均衡的供應環境。
5.環境汙染問題
無論在哪種飼養方式下，造成環境汙染的***同來源之壹都是雞本身。壹只雞就是壹個汙染源，壹個雞場就是壹個汙染物排放場。雞的腸道長度僅為其體長的6～7倍，加之代謝率高，飼料通過腸道快，糞便中殘留的有機物比其他家畜糞便要多，氮、磷流失量較大，造成空氣、土壤和水質汙染。養雞產生的氨氣、硫化氫、二氧化碳、壹氧化碳和氧化氮等各種有害氣體，嚴重影響雞的生長發育，排放到大氣中加劇了空氣汙染，危害人類健康。配合飼料中添加劑的不合理使用，使雞蛋產品及其糞便中殘留大量的抗生素、化學合成藥物，不僅對蛋雞產品質量、蛋雞安全和健康造成影響，而且直接影響人類的生命安全和身體健康。還有病原微生物，高銅、高鋅等重金屬對環境的汙染。
蛋雞生產忽視公***環境衛生，導致了水、土、大氣的汙染。我國蛋雞產業的發展忽視了成本轉移（環境成本）問題，目前我國大部分蛋雞飼養場對於環境保護、可持續發展等問題未給予重視，也很少考慮養雞造成的環境汙染給社會和生態環境所帶來的損害，國家也缺乏具體的相關政策措施。
6.雞蛋產品的品牌和商標問題
品牌競爭是未來產品競爭力的唯壹出路，以品牌帶動產業發展已經成為蛋雞業發展的方向。壹個好的品牌是靠產品的優良品質來加以保證的，是需要靠長期不斷地打造、維護來培育的。品牌代表：信譽、安全、營養、價值、身份、信心。壹旦符合消費者價值觀選擇的品牌，人們就會忠誠於這種品牌，並將這種品牌價值傳達。品牌經過圖案化設計，註冊登記，成為商標。商標與品牌有著密切的關系，商標壹經註冊就取得了某個“品牌名稱”的專利權，在法律上就可以得到保護，別的企業不得冒用。
多年來，我國消費者吃的雞蛋基本上是在自由市場上大堆上挑揀，沒有品牌。隨著產品時代向品牌時代的轉換，現在社會消費發生了變化，雞蛋進入超市，如果沒有品牌，不僅少有人買，而且價格低，甚至進不了市場。目前很多地區或大的龍頭企業已經註冊了自己的雞蛋商標，但是還有很多中小養殖戶遠沒有意識到品牌和商標的重要性，這對產業的發展十分不利。