2005年1月1日，《小企業會計制度》正式在小企業範圍內實施。由於《小企業會計制度》是《企業會計制度》的壹種簡化（只是將小企業不常用的經濟業務活動和核算項目刪除而已，註明若有相關經濟業務則參照《企業會計制度》），並沒有要求強制執行，小企業在實際編制財務報表時擁有多項選擇權，既可以選擇《小企業會計制度》，又可以選擇《企業會計準則》。而由於小企業沒有深刻理解自身實際情況如何與會計制度匹配，在執行中遭遇了種種困惑。
《小企業制度》規定，其適用範圍是在中華人民***和國境內設立的不對外籌集資金、經營規模較小的企業。
所謂的“不對外籌集資金”，是指不公開發行股票和債券。所謂的“經營規模較小”，是指《中小企業標準暫行規定》中的界定標準。根據該暫行規定，符合標準的既可以執行《小企業會計制度》，也可以執行《企業會計準則》。但是，兩者只能擇其壹。
2006年《企業會計準則》（下稱“新準則”）發布，並要求自2007年1月1日起在上市公司執行，2009年鼓勵大中型企業執行。目前，全國有些省市明確要求2009年以後所有企業包括中小企業將逐漸過渡至統壹執行新準則。按照財政部令第33號總則的規定，所有現行企業會計制度的會計的確認、計量和報告不能和新的《企業會計準則—基本準則》相抵觸。現在新出的稅法壹般也是根據準則的賬務處理設計制定的，使用會計制度比較吃虧，調整工作量也比較大。
因此小企業只能擱置《小企業會計制度》（下稱“制度”），轉而執行新準則。
相對於新準則，《制度》的地位顯得很尷尬。這不僅是因為《制度》沒有要求小企業強制執行，也因為部分地區的稅務部門對《制度》不予采用。
如廣東省等稅務部門已經在執行新準則，並要求企業上報的財務報表也依據新會計準則進行編制。這給中小企業尤其是小型企業造成了很大困擾。
因此許多會計認為“讓那些只是進行簡單生產、銷售的小企業，參照復雜的新會計準則科目制作會計報表，實在有點像‘拿大炮打蚊子’。”《制度》壹旦被擱置，中小企業會計們的苦惱似乎是必然的。財務報表是根據新準則來編制的。實事求是地說，他們感覺有些吃力。
執行新準則對於小企業來說就像是要求高中學生做大學生的課程壹樣，小企業會計人員因素質差異而不能很好地使用新準則，這也是不容忽視的重要因素。
小企業受到稅務部門的制約，必須按照新準則制定財務報表，但又缺乏足夠的專業能力，企業的經營行為又難以與新準則對應，結果執行中變成了‘四不像’——很多小企業就是變了壹個報表，胡亂增添上壹些新科目，實際上是換湯不換藥，只為應付稅務部門的要求。
在《制度》和新準則的選擇上，小企業會計們習慣使用熟悉的《制度》。《制度》在主要內容、會計科目、會計報表等方面比新準則簡化了很多，因此使用起來駕輕就熟。這也是他們自身不重視再教育再學習的結果。
盡管如此，對於《制度》的不完善之處，小企業會計們也很郁悶和無奈。從實際操作來看《制度》並不細致和有許多缺陷。從事中小企業代理計賬業務的資深註冊會計師們對此有同感，希望有關部門在新準則中，專門制定針對中小企業的簡化準則和執行指南，並在此基礎上對現有的小企業會計制度進行完善，同時加強推廣力度，使之覆蓋所有小企業。中小企業必須要有適合自己的會計制度。否則，便會造成經濟數據失真，從而導致國家相關政策的失當，後果很嚴重。
中小企業要有壹個適合自己的會計制度，並根據企業實際適時調整。處於起步階段的小企業執行《制度》即可，而處於正在發展壯大並希望進入資本市場階段的小企業，可以根據企業的情況參照執行新準則。執行新準則是企業要把握的壹個大方向、大趨勢。
小企業會計信息的外部使用者不多，主要是稅務和工商部門。更重要的是，企業需要通過規範的會計信息發現自身發展中的問題，以提升管理水平，實現長遠發展。從自身管理和會計信息規範管理上，無疑新準則比《制度》合理優越的多。因此提醒小企業，企業終究要做大做強，壹定要重視基礎會計工作。只有小企業業主意識到新準則對其加強經營管理的價值所在，才會有動力貫徹實施新準則。